Après avoir été organiste de l'église Saint-Pierre du Mans, il fut reçu en la même qualité par délibération du chapitre de la collégiale de Saint-Martin de Tours du 6 décembre 1761.

Allain-Dupré épousa Généreuse-Louise dont il eut plusieurs enfants. Il devint plus tard un des dix membres du comité de surveillance révolutionnaire de Tours, qui fut institué par les représentants du peuple près l'armée de l'Ouest, le 18 octobre 1793, et eut pour président Sénar. Il résidait encore à Tours.

Dupré, d'après un organiste de Tours, Boyer, qui l'avait entendu, rivalisait de talent avec les premiers organistes de la capitale. Il possédait une science profonde de l'harmonie; quand il voulait être chantant, ses idées étaient parfois communes, mais il les rendait en grand maître.

Son jeu, toujours net, égal, d'un aplomb, d'une mesure invariables, était le plus beau modèle que l'on pût se proposer d'imiter.

La bibliothèque municipale de Tours (ms. 336) possède le manuscrit autographe d'un divertissement héroïque en deux actes, dont Dupré a écrit la musique sur les paroles de Bernard-Prudent Bruley, trésorier de France à Tours : Apollon et Cyrène, 1771. Un autre exemplaire de cet ouvrage appartient à la famille Bruley.